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具体而有效的设计:Beacon Designer如何使其成为可能
您可以在程序中使用BLAST搜索序列并搜索模板结构。在设计引物和探针时使用这两种搜索的结果。在设计过程中,会自动避免出现明显的交叉同源性和模板结构的区域。
可用的设计选项
SYBR Green试验设计
SYBR Green可能是实时PCR化学中常用的。Beacon Designer设计SYBR Green PCR引物,帮助您评估预先设计的SYBR Green PCR引物集。您可以完全控制设计参数,或者您可以使用默认值,在经过大量的研究和与的交流之后选择。您甚至可以为您的特定研究需求选择您自己的默认设计参数。
除了在感兴趣的基因上定位引物外,信标设计者还可以设计外显子或外显子内含子连接的引物。这些引物设计的外显子内含子连接有助于选择性帮助从gDNA选择性扩增cDNA。
Automate Your Real Time PCR Primer and Probe Design
Beacon Designer™ automates the design of real time primers and probes. It is used by molecular biologists worldwide to design successful real time PCR assays. It saves the time and the money involved in failed experiments. Beacon Designer™ is a flexible solution to your real time primer and probe design needs and pays for itself many times over.
MethyLight Assay Design for DNA Methylation Profiling
MethyLight assay, a TaqMan® probes based methylation profiling technique, can be effectively used for DNA methylation profiling, measure DNA methylation or detect methylated alleles in presence of the unmethylated ones. Due to the specificity of TaqMan® based assays, it is much more accurate than the end point detection assay such as methyl specific PCR (MSP).
双标记探针的设计
Beacon Designer目前支持四种基于探针的化学物质:
TaqMan探针
使用Beacon Designer优化TaqMan探针,帮助您研究差异基因表达或使用TaqMan SNP基因型检验研究SNP(单核苷酸多态性)。您也可以选择设计越来越流行的锁定核酸(LNA)取代TaqMan探针,这些探针比标准TaqMan探针更稳定。为了研究DNA甲基化,Beacon Designer帮助设计引物和TaqMan探针进行甲基化分析。甲基光是一种高通量分析,用于区分甲基化和非甲基化DNA。使用Beacon Designer,通过设计甲基化和未甲基化链的寡核苷酸,以及未经处理的DNA序列,可以设计合适的控制引物和探针。有了这些化学物质,您可以评估预先设计的引物或TaqMan探针。设计结果按顺序排列,给您一个可供选择的替代品列表。根据oligo的属性分配等级。
SYBR® Green Primer Design
TaqMan® Probe Design
Multiplex Real Time PCR Assay Design
HRMA Primer Design
MethyLight TaqMan® Design
Molecular Beacon Design
NASBA® Assay Design
FRET Probe Design
Scorpions
Beacon Designer支持Scorpions引物和探针的设计。Scorpions的分析是很重要的,它们与探针的酶切割无关。引物和探针元件在反应过程中物理耦合。
FRET探针
Beacon Designer支持设计和评估预先设计的FRET探针。与预先设计的SYBR Green引物兼容的FRET探针可以在Beacon Designer中设计。
多路实时PCR检验
有了Beacon Designer,您可以设计基于TaqMan的多路复用实时PCR检验,包括参考基因选择。
自动化实时PCR引物和探针设计
Beacon Designer可以自动设计实时引物和探针。它被世界各地的分子生物学家用来设计成功的实时PCR分析。它节省了很多失败的实验所浪费的时间和金钱。Beacon Designer是实时引物和探头设计的灵活的解决方案。
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