正规代理 sequencher百科

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Sequencher DNA序列分析软件是科学家们*的工具。持续发展和改进**过25年，Sequencher提供了**的功能特征，成千上万的出版物都有相关的应用介绍。新手用户可以以少的时间投资产生结果，而有经验的用户会惊叹于功能的深度和控制。Sequencher自带各种专有算法，可以为Sanger, Next-Gen Sequencing (NGS)和RNA-Seq序列数据生成结果。
Sequencher的Reference Sequence是一个强大的功能，它控制着编号、特征以及更多的功能。与Variance Table结合一起使用，可以很*地确定您是在看已知的还是未报告的SNPs。使用Clustal，从Sequencher的项目桌面直接对齐序列。当有来自不同来源的多个样本时，您甚至可以使用Clustal的名称。创建工作报告，来自Variance Table的PDF报告，是一个分享您的信息的好方法，保存在您的实验室笔记中或者在演示文稿中使用。自定义工作区，控制窗口的位置，并使用标签来区分序列和重叠群。使用主题和**显示来识别序列区域。在模板中维持所有设置，以便您和您的同事可以使用相同的标准操作程序。


自定义工作区
可以自定义窗口的默认位置，Sequencher会记住您的设置格式和一致性选项。您还可以保存所有的设置，包括Reference Sequence,作为Project Template，可以重复使用，节省分析设置时间。


Ÿ 使用主题来**您定义的子序列
Ÿ 记住会话间的标尺设置
Ÿ 为您的工作风格选择佳的窗口布局并保存它们
Ÿ 自定义项目窗口的显示

Sequencher DNA序列分析软件是科学家们*的工具。持续发展和改进**过25年，Sequencher提供了**的功能特征，成千上万的出版物都有相关的应用介绍。新手用户可以以少的时间投资产生结果，而有经验的用户会惊叹于功能的深度和控制。Sequencher自带各种专有算法，可以为Sanger, Next-Gen Sequencing (NGS)和RNA-Seq序列数据生成结果。
Multiplex ID
Sequencher 5.2或之后的用户使用基于BWA, GSNAP 或Velvet从头或基于参考组件的复用方法。复用方法快速而*。每个DNA样本都有与其相关的特定条形码。Sequencher可以阅读这些条形码并将数据分成不同的文件或‘bins’。Sequencher获取每个‘bin’中的序列，并为您执行汇编或对齐。Sequencher的Multiplex ID可与单端或成对端数据一起使用。对于成对的端数据，每个读数在5’端必须有相同的条形码，可以被识别为一对。您可以使用Tablet阅读器查看多路复用组件或对齐的结果。


SNP分析
筛选下一代测序所产生的数以百万计的读物在寻找候选SNPs时面临重大挑战。Maq和GSNAP算法都包括SNP筛选功能。Maq具有两级筛选过程，初搜索读取和参考序列之间的差异。接着，筛选初始结果的过滤步骤，寻找每列读取的相同类别的小数量，以及嵌入在高质量区域内的变体。综合报告中给出了结果，您还可以在Maqview或Tablet中查看结果。


使用GSNAP，SNP分析采取不同的方法，查看之前报告的SNPs以及新的候选SNPs。用户必须提供已知的SNPs列表以及读取和参考序列。GSNAP对所有主要和次要等位基因进行SNP耐受性排列。该算法使微小等位基因与错配区分开来。综合报告中给出了结果，您还可以在Tablet中查看结果。

Parallelize your analyses - use several different sets of settings and run on the same sequence or even different sequences at the same time without writing scripts.

Sequencher DNA序列分析软件是科学家们*的工具。持续发展和改进**过25年，Sequencher提供了**的功能特征，成千上万的出版物都有相关的应用介绍。新手用户可以以少的时间投资产生结果，而有经验的用户会惊叹于功能的深度和控制。Sequencher自带各种专有算法，可以为Sanger, Next-Gen Sequencing (NGS)和RNA-Seq序列数据生成结果。
Find Amino Acids
Sequencher中的Find Amino Acids命令允许快速识别数据中的个体或序列。使用单字母代码，插入您希望找到的，Sequencher会发现并**那些序列中的碱基。Sequencher通过在Find Amino Acids窗口选择Find Next按钮，可以轻松地进入符合搜索的下一组碱基。


方差表
SNP分析的有力工具
现在有一种非常简单的方法来比较DNA序列或重叠序列，并点击几下就可以找到这些序列之间的所有差异。方差表让您筛选大量的序列数据，这样您就可以快速可视化您感兴趣的碱基。方差表中的每个单元格都链接到其原始数据，因此您可以直接在表中直接验证或编辑每个假定的差异，并使序列和色谱数据自动更新。一旦发现所有差异，Sequencher会为您提供多种导出和报表选项。


转换方差表
转换方差表总结了选定的一组样品中的所有差异。因为表与底层序列数据相连，所以它是验证突变导致转换改变和检查表达载体的理想选择。
与将引用匹配为空白单元格的方差表不同，转换后的方差表以浅灰色显示匹配。这让您能看到密码子的差异，这些密码子仍然会导致的匹配。您甚至可以在复查模式中同时看到方差表和转换方差表，这样您就可以地确定哪一个DNA序列改变导致蛋白质序列改变。


报告
Sequencher输出报表创建数据的可打印版本。这些报告提供了分析工具，例如在人口报告中对类似样本进行聚类。人口报告是方差表中数据的总结。每个人口报告由两种类型的表组成：一个人口表和几个单的详细表，它们描述了人口表中的每个组。


Sequencher中方差详细报告提供了支持方差表的所有信息。与个别差异报告一样，汇总表列出每个样本或列的变体。另外，在差异详细报告中，详细表遵循所描述的变体中的每一个的变体表。本表中的详细内容包括序列名称、方向以及任何数据的碱基调用，有助于调用变体。如果置信度或色谱数据可用，这也包括在表中的每个序列中。色谱数据包括二次峰分布的细节和每个变体多达六个踪迹的色谱图，尽管每个变体的踪迹数量是可配置的。
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